En 1096, sur le lieu de l’église actuelle, le Pape Urbain consacre le premier édifice romain, une ancienne église prieurale de Bénédictins. Celle-ci est reconstruite en 1560 et devient église paroissiale en 1666. En 1749, l’édifice est en danger, ruiné par le temps et les guerres de religion. En 1755, Aubert de Tourny, intendant de Guyenne, décide de reconstruire le bâtiment. Les travaux commencent en 1758, sous la direction de l’ingénieur Jourdain, puis, à partir de 1762, sous la direction de l’architecte parisien Barreau de Chefdeville qui délègue à Nérac l’ingénieur Sauvageot. Une taxe est mise en place pour le financement de l’église. Après de nombreuses difficultés de financement, elle est achevée en 1787, sans son décor complet. La Révolution va s’en emparer quelques années, on y célèbrera le culte de la Déesse de la Raison. À partir de 1794, les cultes catholiques peuvent se réapproprier l’endroit. « Cette église est un bel exemple d’architecture religieuse néo-classique du XVIIIe siècle et a une grande analogie avec l’église Saint-Sulpice de Paris. […] Il convient de souligner que c’est une église de la reconquête catholique : elle écrase la ville ». Nérac au fil des rues – Les Amis du vieux Nérac - 2011
En 1856, l’édifice sera définitivement terminé avec la construction des campaniles, la finition des chapiteaux intérieurs et la reconstruction de la sacristie.